Хадыженск расположен в долине горных рек  Пшиша и его притока Хадажки в предгорьях Северо-западного Кавказа. Горные вершины чередуются с долинами рек и малых речек. Высота отдельных возвышенностей южнее Хадыженска достигает 500 метров и более, в то время как сам санаторий, расположенный в долине реки Хадажки, находится на высоте 150—170 метров над уровнем моря. Горы и долины рек покрыты богатой растительностью, свойственной Северо-западному Кавказу. На южной окраине Хадыженска в 1953 году в процессе бурения поисковой скважины залежей нефти и газа не встречено, но с глубины 520 метров был получен фонтан минеральной воды.

В 5-ти километрах от Хадыженска есть дикие горячие источники, обладающие целительными свойствами, известные в народе как «Бычковы ванны». В Хадыженске имеется автостанция, остановка ж/д «1811-й км.» (сама станциях «Хадыженская» находится в 5-ти километрах от города в поселке Станционный).

Город Хадыженск расположен в 70-ти километрах от Черного моря и в 120 километрах от краевого центра Краснодара, на трассе Армавир-Майкоп-Туапсе. В черте города имеется ряд общедоступных минеральных источников, полных аналогов Нарзана и Ессентуков. Действует знаменитый круглогодичный бальнеологический санаторий-профилакторий «Минеральный». Протекают реки Пшиш, Хадажка и Мутнянка.